Conforme el artículo 4 de la Ley Orgánica del Tribunal de Justicia Administrativa del Estado de Guanajuato, éste tiene a su cargo, dirimir las controversias de carácter administrativo y fiscal que se susciten entre la Administración Pública del Estado y los particulares, conocer  de los actos y resoluciones administrativas dictadas por los ayuntamientos; conocer de las responsabilidades administrativas de los servidores públicos y particulares vinculados con faltas graves; fincar a los responsables el pago de indemnizaciones y sanciones pecuniarias que deriven de los daños y perjuicios, así como conocer en segunda instancia, de las resoluciones que pongan fin al proceso administrativo municipal, y de los acuerdos dictados por los Juzgados Administrativos Municipales, que concedan, nieguen o revoquen la suspensión del acto impugnado. Tiene como objetivo resolver controversias entre las personas y las autoridades fiscales o administrativas del Estado o de los Municipios, cuando éstas emiten, ejecutan o tratan de ejecutar un acto que consideran afectan sus derechos.